Para a maioria da população não há diferença. Já para quem cria esses materiais no trabalho, há distinção. Um Flyer é um material impresso para "voar". Ele tem dimensões reduzidas (A5 ou menor), pode ter apenas um lado impresso, ou ser frente e verso (4x4). É um material para alta distribuição, com baixo custo de produção.
O Folder é um material com dobras (fold, significa dobra), normalmente possui 1 ou 2 na vertical ou horizontal. Não tem formatos padrões definidos, mas segue uma normatização com capa, apresentação do produto, serviço ou promoção e dados para contatos.
Fonte.: http://www.conceitoideal.com.br/Materiais-Impressos/flyer-e-folder-qual-a-diferenca.html